Los gobiernos, los científicos y las instituciones de investigación están utilizando la tecnología y la innovación para hacer frente a la COVID-19.
Se han desarrollado herramientas de código abierto y algunas continúan probándose para respaldar los esfuerzos que se han implementado para minimizar los resultados de este virus mortal.
Ya existe una variedad de herramientas de código abierto que ayudan a los investigadores a aprender sobre la enfermedad, identificar la propagación, prevenir la propagación y minimizar la propagación y las muertes. Una gama de proyectos está disponible en el Ecosistema Educativo que describe cómo usar diferentes herramientas.
Este artículo analiza algunas de las herramientas y bibliotecas de código abierto que se utilizan para monitorear, prevenir y contener, diagnosticar y tratar la COVID-19.
Tabla de contenido
Mapa de seguimiento de COVID-19
En enero, el Centro de Ciencia e Ingeniería de Sistemas de la JHU lanzó una Mapa de seguimiento global de COVID-19 que rápidamente se convirtió en una fuente de confianza internacional de los datos de la pandemia en evolución en tiempo real.
El mapa es de código abierto y se ha utilizado para impulsar los esfuerzos de investigación y visualización de las principales organizaciones de medios, organizaciones pequeñas y gobiernos locales.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler es uno de los primeros proyectos de código abierto desarrollados para responder al COVID-19 en enero.
Los desarrolladores utilizaron datos de DXY.cn, un sitio que utilizaban los médicos chinos para informar y rastrear casos. Desarrollaron un rastreador web que recopilaba datos del sitio y los ponía a disposición a través de una API y un almacén de datos. El código está disponible en Github.
Kit de datos abiertos
Kit de datos abiertos (ODK) no es una herramienta nueva. Se ha utilizado antes durante los brotes de ébola en África Occidental en 2004 y el brote más reciente en la República Democrática del Congo en 2019.
Principalmente ayuda a los usuarios a recopilar, administrar y usar datos en el rastreo de contactos, el mapeo estratégico, el apoyo a la toma de decisiones, la sensibilización de la comunidad y la gestión de casos.
La comunidad de ODK ha avanzado aún más en su uso en respuesta al COVID-19 al poner a disposición un formulario de informes en sus implementaciones. El formulario está diseñado de acuerdo con el protocolo de la Organización Mundial de la Salud para la investigación de casos y el rastreo e investigaciones de contactos.
Los desarrolladores principales también ofrecen soporte gratuito para cualquier organización que haya implementado el ODK en respuesta a COVID-19.
Siguiente cepa
Siguiente cepa sigue la evolución de los patógenos. Anteriormente se ha utilizado para determinar la historia familiar de una enfermedad, lo que permite predecir la progresión de la enfermedad.
Se ha utilizado con éxito en epidemias anteriores, como el ébola. A través de datos genéticos de la Iniciativa Global para Compartir Todos los Datos de Influenza (Gisaid), Nextxtrain se está utilizando para hacer frente a COVID-19.
DHIS2
probablemente ya lo sepas DHIS2. Es el Sistema de Gestión de Información de Salud más grande del mundo. Se utiliza en más de 70 países. Como parte de la respuesta a la COVID-19, DHIS2 ha lanzado un paquete de datos digitales que acelera la detección de infecciones, el informe, la vigilancia y el tratamiento de la enfermedad.
El paquete de datos digitales DHIS2 utiliza metadatos estándar alineados con el protocolo de la OMS sobre definición y vigilancia de casos de COVID-19 para permitir un despliegue y una respuesta rápidos.
Pikobar Java Occidental
El Centro de Información y Coordinación de Enfermedades y Desastres de Indonesia es un centro de respuesta a crisis formado para mitigar y responder al COVID-19 en la provincia de Java Occidental de Indonesia.
El Servicio Digital de Jabar, como parte de la respuesta, ha desarrollado un aplicación y herramienta web de código abierto que permite a los usuarios acceder a los últimos datos de COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS es un sistema de atención al paciente utilizado en muchos países en desarrollo de todo el mundo. Debido a la flexibilidad de la Sistema OpenMRSlos países que han tenido sus recursos de atención médica al límite pueden usarlo para la vigilancia, la detección y el tratamiento de COVID-19.
El sistema puede ayudarlos a expandir su capacidad brindándoles acceso a información con base científica sobre cómo enfrentar la crisis.
Abrir LMIS
los Proyecto OpenLMIS hace uso de una táctica centrada en la comunidad para desarrollar un sistema de información de gestión logística ajustable y de código abierto. El sistema OpenLMIS busca mejorar la precisión de los datos, aumentar la responsabilidad, mejorar la puntualidad y la visibilidad de los datos.
El sistema OpenLMIS busca mejorar las cadenas de suministro de salud, el inventario de recursos médicos para brindar una imagen clara de los suministros médicos disponibles, incluidos los kits de prueba y los EPP (equipo de protección personal). Esta herramienta se puede implementar de manera efectiva para apoyar a los tomadores de decisiones en la asignación de recursos como respuesta al COVID-19.
Sitios de salud
los Proyecto de mapeo de sitios de salud global es un proyecto destinado a mapear todos los establecimientos de salud del mundo y hacer que los detalles de cada hospital sean fácilmente accesibles. Los datos sobre los establecimientos de salud se han hecho accesibles a través de una API.
Al colaborar con los usuarios, el equipo de healthsites.io captura y valida la ubicación y los detalles de contacto de cada centro de salud y hace que los datos estén disponibles y accesibles de forma gratuita a través de una Licencia de Datos Abiertos.
SORMAS
SORMAS (Sistema de análisis y gestión de respuesta a brotes de vigilancia) es un sistema de salud electrónica móvil de código abierto. Se ha implementado para implementar el control de enfermedades, así como los procedimientos de gestión de brotes.
Se ha implementado efectivamente en varios países, incluidos Ghana, Nigeria, Nepal y Fiji, para la vigilancia y detección temprana de COVID-19.
SORMAS es un sistema gratuito y de código abierto que sigue los estándares de protección de datos.
Tokio COVID-19
A diferencia de muchas otras ciudades y gobiernos, el Gobierno Metropolitano de Tokio ha desarrollado un sitio web de código abierto que informa a sus residentes sobre el COVID-19. Al hacerlo de código abierto, el sitio ha recibido contribuciones de más de 200 usuarios. Otras tres ciudades, Chiba, Nagano y Fukuoka, han recreado el sitio web.
AbrirELIS
El propósito de Sistema de salud OpenELIS es mejorar la atención médica al proporcionar un sistema de gestión de información de laboratorio basado en estándares progresivo que puede ser utilizado por varias iniciativas de salud para mejorar las opciones de tratamiento.
El brote de COVID-19 ha presentado un desafío global de rastreo de contactos y pruebas masivas de casos sospechosos. El sistema OpenELIS se puede implementar de manera efectiva para hacer frente a COVID-19 para facilitar el seguimiento de las pruebas y resultados de laboratorio.
los Kit de herramientas de salud comunitaria es una colección de herramientas de código abierto, así como recursos de acceso abierto que tiene como objetivo crear e implementar herramientas digitales para su uso en iniciativas de salud comunitaria en áreas de difícil acceso.
La comunidad de desarrolladores de Community Health Toolkit se ha movilizado para desarrollar herramientas y recursos que tienen como objetivo apoyar a los trabajadores de salud comunitarios para enfrentar el COVID-19.
REPICAR
los Modelo de impacto hospitalario COVID-19 para epidemias (CHIME) es una aplicación de código abierto desarrollada por científicos de datos en Penn Medicine, Universidad de Pensilvania. Es una herramienta online que permite a los hospitales predecir el impacto del virus en los recursos sanitarios.
Está desarrollado usando Python y la dependencia de código abierto de pandas.
Mapa de atención de COVID
los Mapa de atención de COVID ayuda a mapear los recursos de atención médica ya existentes y a pronosticar brechas en camas de hospital, ventiladores, suministros médicos y personal. Todos los métodos, herramientas de procesamiento de datos, visualizaciones y código fuente son gratuitos y de código abierto.
El proyecto COVID Care Map busca anticiparse y actuar para reunir apoyo para atender de manera efectiva el número en rápido crecimiento de infecciones por COVID-19 y aquellos que necesitan cuidados intensivos.
Locale.ai
Locale.ai ha desarrollado una visualización interactiva de código abierto de todos los casos confirmados de COVID-19 en todo el mundo. Consulta el conjunto de datos de código abierto de la Universidad John Hopkins.
Locale.ai desarrolló el Sitio web de visualización de COVID-19 mediante el uso de Vue.js, que es un marco popular que permite a los desarrolladores crear aplicaciones web modernas.
COVID-19 en todo el mundo
Esta aplicación hace uso de una visualización de mapa para monitorear la propagación de COVID-19, los casos confirmados y el desarrollo de la enfermedad en todo el mundo. Hace uso de datos de John Hopkins CSSE.
rastreador de coronavirus
Esta es una aplicación Shiny desarrollada por John Coene. Realiza un seguimiento de la propagación de COVID-19 mediante el uso de datos de John Hopkins, datos DXY y Weixin. La aplicación muestra el número de casos sospechosos, confirmados y recuperados por hora y región. El código está disponible en Github.
Casos globales de COVID-19
Casos globales de COVID-19 es una aplicación Shiny desarrollada por Christoph Schoenenberger que muestra los desarrollos de COVID-19 en un mapa, gráficos, tablas de resumen y figuras. Su código está disponible en Github.
Gobiernos y COVID-19
Esta es una aplicación Shiny desarrollada por Sebastián Engel-Wolf. Mapea el crecimiento exponencial de COVID-19, los días para duplicar las infecciones, los casos confirmados, la tasa de mortalidad y la cantidad de casos confirmados por cada 100,000 personas en diferentes regiones. El código está disponible en Github.
Terminando
La comunidad de código abierto ha respondido rápida y eficazmente a la pandemia de COVID-19. Se han construido y se siguen construyendo muchos proyectos para hacer frente a la propagación de la enfermedad. Este artículo describe algunos de los proyectos. Todavía hay incertidumbre sobre cómo evolucionará la enfermedad en las próximas semanas. Más proyectos que puedan aprovechar las tecnologías de código abierto existentes encontrarán un lugar en la lucha contra esta enfermedad mortal.
¡Mantenerse a salvo!
Artículo del Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem